南京农业大学微生物学科为二级学科，是由我国著名的微生物学家樊庆笙教授予1952年创建，学科建立之初即开始招收微生物学硕士研究生，1981年成为国务院批准的全国首批微生物学博士点，1994和2006年被评为江苏省重点学科，1997年被评为农业部重点学科，同年被评为江苏省教育厅双基实验室，2002年依托本学科批准建立了农业部农业环境微生物工程重点开放实验室。2002年开始依托“生物学”一级学科博士后流动站招收微生物学博士后研究人员。本学科是国家生命科学与技术人才培养基地和国家生物学理科基地、江苏省生物学教学实验示范中心建设点和江苏省生物科学特色专业的主要依托学科。中国微生物学会环境微生物专业委员会和中国土壤学会土壤生物与生物化学专业委员会均挂靠于本学科。

研究条件、近年主要成果：
   南京农业大学微生物学科根据学科发展趋势并结合国民经济发展需求，围绕环境保护与微生物资源挖掘，形成了以环境微生物学为特色的研究体系，在微生物学基础与应用研究方面取得了长足的发展。近年来承担了国家杰出青年基金、国家自然科学基金、科技部“863”、“973” 计划和自然资源平台项目、国家科技攻关计划项目、农业部跨越计划和成果转化项目以及省部级科研项目等61项，研究经费3955万元，在研经费1814万元。近6年来发表研究论文292篇，其中SCI论文37篇，单篇最高影响因子达到7.5（Nucleic Acid Res 2006），出版学术专著3部。标志性成果 “农药残留微生物降解技术的研究与应用”获得了2005年国家科技进步二等奖。

主要研究方向：
1．环境微生物学与环境微生物工程
   运用现代生物学技术研究难降解有机污染物的微生物降解机制与污染环境的微生物修复、有毒工业废水生物处理工艺、分子生态学和厌氧微生物学。
2．固氮与土壤养分活化微生物学
   该方向在传统根瘤菌的种质资源、固氮生理及其应用方面研究的基础上，近年来主要研究根瘤菌由于细胞群体密度变化所引起的信号传递（群体感应现象），及其导致的根瘤菌生理活动改变的分子机制，诸如群体感应与根瘤菌的侵染、结瘤及固氮的关系等。土壤养分的微生物活化主要研究磷钾等营养元素活化，包括微生物的筛选、鉴定及其发酵工艺优化，研究不同生境中矿物分解细菌的生物多样性，阐明了矿物-细菌相互作用机制。
3．活性物质与蛋白质结构生物学
   本方向以微生物来源和以微生物为靶标的生物活性物质为研究对象，包括新型抗菌多肽和药用真菌活性物质，进行其分离纯化，结构功能与编码基因的研究，探索其在临床和畜牧业中的应用潜力。